2月1日,浙江省疾控中心上线自动化的全基因组检测分析平台。利用阿里达摩院研发的AI算法,可将原来数小时的疑似病例基因分析缩短至半小时,大幅缩短确诊时间,并能精准检测出病毒的变异情况。
自动化全基因组检测分析平台由三部分组成:一是自动化样本抽取和建库仪,二是测序仪,三是阿里巴巴AI分析系统(包含AI算法和智能计算平台)。
平台属于高通量测序,由阿里达摩院联合杰毅生物共同研发,可以为新型冠状病毒防控提供了全自动建库和分布式计算分析能力。杰毅生物开发了全自动高通量测序建库仪,把整体常规人工需要12小时的工作缩短到2个小时。每次测序过程会产生海量的数据,达摩院采用分布式设计的分析算法,将样本基因分析的速度由数小时缩短到半小时;同时,由于采用分布式算法,病毒拼接的速度由30分钟至1小时缩短到15至30分钟。
不同于传统核酸检测方法,这一平台还可以检测到病毒的全貌,避免因为病毒变异造成的漏检情况。
除此之外,达摩院针对新冠病毒基因的特征进行了分析,基于pdb等公共数据集的数据进行算法的优化训练。病毒序列拼接完成后,通过设计BiLSTM+DNN的方式训练模型预测病毒蛋白质二级结构,同时,达摩院还在研究基于序列的蛋白质三维结构预测模型以及药物筛选模型。
达摩院算法专家在疾控中心基因检测分析现场